Työväen Arkiston Säätiön hallinnosta vastaa viisihenkinen hallitus, jonka nimeää Suomen Sosialidemokraattisen Puolueen puoluehallitus. Nykyisen säätiön hallituksen toimikausi alkoi vuoden 2021 alusta, ja sen toimikausi on kolmivuotinen käsittäen vuodet 2021–2023. Hallitus on pitänyt sääntömääräisen vuosikokouksen keväällä, ylimääräisen syyskokouksen lokakuussa ja niiden lisäksi kokoontunut toimintavuoden aikana viisi kertaa. Kokoukset on poikkeusoloissa hoidettu hybridinä tai kokonaan etäyhteydellä.

Työväen Arkiston Säätiön hallituksen puheenjohtaja on toiminut Marjaana Valkonen. Muut jäsenet ovat olleet Jukka Hako, Kirsi Mäki, Rainer Smedman ja Ville Wallin, joista viimeksi mainittu on toiminut hallituksen varapuheenjohtajana. Säätiön sihteerinä ja toimitusjohtajana on toiminut arkistonjohtaja Petri Tanskanen. Teknisenä kokoussihteerinä on toiminut Mikko Kosunen. Työväen Arkiston Säätiön hallituksen jäsenille ei ole maksettu kokouspalkkioita eikä muita etuuksia. Säätiön tilintarkastajana on toiminut KHT Lotta Kauppila ja varatilintarkastajana Tilintarkastusrengas Oy.

Tilintarkastajalle on maksettu tilintarkastuspalkkio. Muuta lähipiiritoimintaa säätiöllä ei ole ollut, toisin sanoen sen lähipiiriin kuuluville ei ole annettu avustuksia eikä kokonaan tai osittain vastikkeettomia taloudellisia etuuksia.

Säätiön taloushallinto on ulkoistettu tilitoimisto Kvalta Oy:lle.